Azon vélekedések sem ritkák, amelyek szerint a légkondicionálók valójában nem mások, mint hatalmas baktériumtenyésztők, amik mintegy petri-csészeként biztosítanak boldog és barátságos otthont a kórokozók számára, hogy aztán alaposan szétterjesszék őket a helyiség minden egyes köbcentiméterén.
Ahhoz, hogy a kérdésben igazságot tegyünk, mindenekelőtt egyvalamit kell tisztáznunk: a téli megfázásokat sem a hideg levegő okozza, hanem a vírusok. A légkondicionálók kivonják a párát a levegőből, ezzel kiszárítják a légutakat és a nyálkahártyát – így maguk a kórokozók is jobban megtelepszenek az orrban és a torokban. Kutatások bizonyítják, hogy a folyamatosan légkondicionált helyiségekben dolgozók gyakrabban betegszenek meg, mint azok, akik természetes hőmérsékletű helyeken végzik mindennapi tevékenységüket. Amennyiben azonban jól állítják be a légkondicionálót, és a tisztításáról is megfelelően gondoskodnak, nem igaz, hogy bármilyen szempontból is káros hatást gyakorolna a szervezetre. Sőt, az allergiások még profitálhatnak is belőle, hiszen a száraz levegő nem kedvez a poratkáknak.
Külön meg kell említeni az úgynevezett légiósbetegséget, amit szintén a légkondicionálókhoz szokás kötni, ez azonban nagyon ritka. Ezt a kórt egy meleg, nyirkos közegben szaporodó baktérium okozza, amely számára a légkondicionáló és a vizesblokkok a legmegfelelőbb tenyészhelyek. A betegség levegőben terjed, és influenzás tüneteket, valamint roppant súlyos tüdőgyulladást okoz, szövődményként pedig idegrendszeri károsodásokat és veseromlást eredményez. Amennyiben nem kezelik a megfelelő antibiotikumokkal, a beteg könnyen bele is halhat a kórba. Ez a fajta megbetegedés azonban szerencsére tényleg ritka, és a hazai irodai környezetben gyakorlatilag egyáltalán nem kell tőle tartani.